실손의료보험(실손보험) 가입자가 연말정산을 마치고 나서 청구한 보험금에 대해서도 의료비 세액공제를 제한하는 내용으로 관련 법령이 개정될 것으로 보인다.

20일 국세청 등에 따르면 의료비 세액공제를 받은 이후 청구·수령한 실손보험금을 수령한 연도의 의료비에서 공제하는 내용으로 다음달 소득세법 시행령 개정이 추진된다.

작년(2019년) 귀속분 연말정산부터 세액공제 대상 의료비를 산출할 때 실손보험금을 수령한 의료비는 배제됐다.

그러나 의료비 지출 후 즉시 실손보험금을 청구하지 않고 작년 연말정산에서 세액공제를 받은 후, 해를 넘겨 올해 실손보험금을 청구한 근로자는 실손보험금과 의료비 세액공제를 모두 챙길 수 있었다. 실손보험 청구는 진료 후 3년 동안 가능하기 때문이다.

그동안 국세청은 세액공제를 받은 후 실손보험금을 받았다면 수령한 연도의 의료비 계산에서 보험금을 차감하라고 안내했다. 이러한 '안내'는 법적 구속력이 없기 때문에 의료비 세액공제를 받은 후 실손보험금을 수령하더라도 가산세 등 불이익을 줄 수 없었다.

이에 따라 국세청은 의료비 세액공제를 받은 후 실손보험금까지 받았다면 보험금 수령 연도의 의료비에서 보험금을 차감하되, 보험금 수령액이 그해 의료비를 초과한다면 직전 연도 의료비에서 초과분을 공제해 수정신고를 하도록 시행령을 개정해달라고 기획재정부에 건의했다.

실손보험금 청구 시기를 연말정산 이후로 미뤄 이중으로 혜택을 보려는 '편법'을 차단하겠다는 의도다.

예를 들어 작년에 900만원을 내고 다초점 백내장 수술을 받은 근로자가 연말정산 때 의료비 세액공제를 받고 나서 올해 1월에 실손보험금을 청구·수령했다면 올해 귀속분 연말정산에서 의료비를 계산할 때 보험금 900만원을 빼야 한다. 만약 올해 의료비 지출이 800만원이라면 초과분 100만원을 작년 의료비에서 차감하는 내용으로 수정신고를 하고 세액공제액의 일부를 반환해야 한다.

국세청 건의 대로 시행령이 개정된다면 의료비 세액공제 후 수령한 실손보험금을 후속 연말정산에 반영하지 않으면 '부당'하게 공제받은 세금과 함께 가산세(부당 공제액의 10%)를 물게 된다.

아울러 올해부터는 실손보험금 수령 증빙 내역이 연말정산 간소화시스템에 자동으로 반영된다. 근로자가 실손보험금 수령 내역을 간편하게 파악해 정확하게 의료비 세액공제를 받으라는 의도로 간소화시스템이 개선되는 것이다.

다만 시행령이 개정되더라도 실손보험금 청구 시기에 따른 세액공제 혜택의 차이가 완전히 사라지지는 않는다.

올해 의료비 세액공제를 받은 후 내년에 수령한 보험금이 내년 전체 의료비 지출보다 적다면 올해분 연말정산 수정신고를 하지 않아도 되기 때문이다.

내년도 의료비가 차감된 탓에 공제 기준선(총급여의 3%) 아래로 떨어지면 내년에 세액공제는 못 받게 된다.

기획재정부 관계자는 "진료와 청구 연도가 다른 경우 의료비 세액공제를 실무적으로 어떻게 적용할지 보완 방안이 확정되지는 않았다"며 "국세청 건의안 등을 고려해 시행령 개정 여부와 방향을 결정할 것"이라고 말했다.